Program bezpečnostních strategií se věnuje zejména bezpečnostně-politickým zájmům ČR v kontextu transatlantického spojenectví, východního křídla NATO, vztahů s Polskem a agresivní strategie Ruska a Číny vůči ČR. Jednou z hlavních priorit Programu bezpečnostních strategií EH je pozvednutí úrovně české diskuse o strategicky důležitých otázkách našeho státu.